پژوهشکده ذیل معاونت پژوهش و فناوری دانشگاه و طبق مصوبات شورای پژوهشکده اداره می‌شود. رئیس پژوهشکده از اعضای اصلی و فعال پژوهشکده و با حکم ریاست دانشگاه به مدت دو سال تعیین می‌گردد. اعضای هیأت علمی پژوهشکده با حکم ریاست دانشگاه با زمان مشخص و طبق ضوابط در یکی از گروه‌های پژوهشی در زمینه‏ها و محورهای تحقیقاتی مصوب پژوهشکده و طبق شیوه‌نامه ارزیابی فعالیت‌های پژوهشی اعضای هیأت علمی پژوهشکده فعالیت خواهند داشت. جذب هیأت علمی جدید مطابق با شیوه‏نامه مربوطه است.

مدیران گروه‌های پژوهشی پژوهشکده از اعضای اصلی و فعال پژوهشکده و پس از انتخاب توسط اعضای گروه پژوهشی مربوطه، با پیشنهاد رئیس پژوهشکده و با حکم ریاست دانشگاه به مدت دو سال تعیین می‌گردند. گروه‏های پژوهشی پژوهشکده

• گروه پژوهشی تعادل بخشی سامانه‏های آبی (Water Balancing Systems Research Group)
• گروه پژوهشی آب‏های زیرزمینی و ژئوترمال (Groundwater & Geothermal Research Group)
• گروه پژوهشی مدیریت و بازچرخانی آب‏های نامتعارف (Research Group Management and Recycling of Marginal Waters)
• گروه پژوهشی حفاظت اکوسیستم و مدیریت مخاطرات محیطی (Ecosystem Conservation and Environmental Hazard Management Research Group)
• گروه پژوهشی حکمرانی آب و آبخیزداری (Governance of Water and Watershed Research Group)